新型lncRNA MANTIS通過表觀遺傳調(diào)控促進內(nèi)皮細胞血管生成
長鏈非編碼RNA（lncRNA）可在表觀遺傳水平、轉(zhuǎn)錄水平和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控編碼基因的表達，從而控制不同的生物過程。目前對lncRNA在表觀遺傳水平上的調(diào)控機制了解甚少。近期，德國歌德大學醫(yī)學系的Ralf P. Brandes團隊發(fā)現(xiàn)了新型lncRNA MANTIS，并描述它在表觀遺傳學調(diào)控中的作用。相關(guān)研究結(jié)果以“Long Noncoding RNA MANTIS FacilitatesEndothelial Angiogenic Function”為題發(fā)表在Circulation雜志上，雜志影響因子19.3。
背景：內(nèi)皮細胞的血管生成功能受到許多機制的調(diào)控，但長鏈非編碼RNA（lncRNA）對血管內(nèi)皮細胞的影響幾乎沒有被研究。研究人員著手鑒定新型和功能重要的內(nèi)皮細胞lncRNAs。
材料：人臍靜脈內(nèi)皮細胞（HUVEC）和其他細胞，血管高壓病人和健康肺組織，膠質(zhì)母細胞瘤和健康人腦周圍組織內(nèi)皮細胞，獼猴血管，小鼠和大鼠動物模型。
方法：LNA-GapmeRs, siRNAs 或 CRISPR/Cas9敲除；Affymetrix Exon-Array；Illumina BeadChip Array；RNA原位雜交；RNA Pulldown；熒光素酶報告基因?qū)嶒?；免疫沉淀；質(zhì)譜；RNA-seq;轉(zhuǎn)座酶無障礙染色質(zhì)測序（ATAC-Seq）和染色質(zhì)免疫沉淀。
結(jié)果：發(fā)現(xiàn)新型lncRNAMANTIS在特發(fā)性肺動脈高壓（IPAH）患者中下調(diào)，它與SWG / SNF染色質(zhì)重塑復合物的催化亞基BRG1相互作用，維持持BRG1活性的ATP酶功能，調(diào)控核小體重塑。因此，MANTIS通過確保有效的RNA聚合酶II機械結(jié)合，調(diào)控血管內(nèi)皮關(guān)鍵基因的轉(zhuǎn)錄。
研究思路：
1. 篩選和鑒定內(nèi)皮血管生成相關(guān)lncRNA
H3K4組蛋白脫甲基酶(JARID1B)已被證明通過限制基因阻遏蛋白的表達來維持正常的內(nèi)皮基因表達，作者在靜脈內(nèi)皮細胞（HUVEC）中敲除JARID1B，利用外顯子芯片篩選血管內(nèi)皮相關(guān)lncRNA。
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