lncRNA/circRNA/trf RNA 功能分析實(shí)驗(yàn)
功能實(shí)驗(yàn) 1、LncRNA定量PCR 2、LncRNA原位雜交 3、5’-RACE, 3’-RACE實(shí)驗(yàn)(lncRNA全長(zhǎng)擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)) 4、lncRNA干擾實(shí)驗(yàn) 5、lncRNA過(guò)表達(dá)實(shí)驗(yàn) 需要先通過(guò)5’-RACE實(shí)驗(yàn)找到lncRNA轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn) 6、lncRNA細(xì)胞功能實(shí)驗(yàn) 細(xì)胞增殖、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期、細(xì)胞遷移 生物信息學(xué)分析 一、差異lncRNA靶基因預(yù)測(cè) lncRNA的靶基因較為復(fù)雜,主要分為正式和反式兩種作用機(jī)制.lncRNA作用機(jī)制與miRNA類似,均可以通過(guò)調(diào)控相應(yīng)的mRNA來(lái)行使功能,所以靶基因的預(yù)測(cè)在科學(xué)研究中都顯得非常必要。 二、靶基因Gene Ontology分析 我們將靶基因向gene ontology數(shù)據(jù)庫(kù)的各節(jié)點(diǎn)映射,計(jì)算每個(gè)節(jié)點(diǎn)的基因數(shù)目. 三、靶基因Pathway分析 信號(hào)通路分析需要完備的注釋信息支持，通過(guò)整合KEGG、Biocarta、Reactome等多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的信息可以精確檢驗(yàn)來(lái)進(jìn)行Pathway的顯著性分析。 四、lncRNA與調(diào)控基因的表達(dá)機(jī)制 通過(guò)整合lncRNA的信息和靶基因之間的關(guān)系,我們可以得到一個(gè)lncRNA與靶基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖. 五、 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè) 對(duì)于差異表達(dá)lncRNA，提取轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上下游序列,使用預(yù)測(cè)程序?qū)ζ滢D(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè). 六、基因關(guān)聯(lián)分析 現(xiàn)在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表達(dá)探針,通過(guò)將lncRNA的靶基因分析結(jié)果與芯片上mRNA的表達(dá)結(jié)果做關(guān)聯(lián)分析,可以更進(jìn)一步的分析lncRNA的功能。 七、信號(hào)通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（Pathway-Act-Network）： 實(shí)驗(yàn)中基因同時(shí)參與了很多Pathway，通過(guò)構(gòu)建信號(hào)通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，從宏觀層面看到Pathway之間的信號(hào)傳遞關(guān)系，在多個(gè)顯著性Pathway中發(fā)現(xiàn)受實(shí)驗(yàn)影響的核心Pathway，以及實(shí)驗(yàn)影響的信號(hào)通路之間的調(diào)控機(jī)理。 八、lncRNA的功能分析 根據(jù)lncRNA最新的功能數(shù)據(jù)庫(kù)，利用生物信息學(xué)工具，做出Function-Tar-Net圖表，從而得出lncRNA與功能的關(guān)系。 |
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