microRNA靶基因分析croRNA靶基因分析

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芯片差異microRNA靶基因分析
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                             芯片差異microRNA靶基因分析
分析方案一
1.通過搜索TargetScan,Mirbase, Miranda三大數(shù)據庫得到差異microRNA調控的所有靶基因。
2.通過對上調或下調microRNA對應的靶基因進行GO顯著性功能分析,得到具有顯著性、低誤判率、靶向性的GO功能集以及對應的靶基因。

3.通過對上調或下調microRNA對應的靶基因進行KEGG Pathway顯著性分析,得到具有顯著性、低誤判率、靶向性的KEGG Pathway以及對應的靶基因。

4.通過對靶基因的顯著性GO功能集分析和顯著性Pathway分析,將GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
5.根據第4步得到的靶基因構建差異microRNA與靶基因的調控網絡,得到網絡中起核心調控作用的microRNA和被microRNA調控的關鍵靶基因。

分析方案二
1.通過TargetScan, Mirbase, Miranda預測單個microRNA靶基因。
2.三個軟件預測的前200個靶基因,兩兩之間取交集選取共同靶基因。
3.每個軟件前50個靶基因與另外兩個軟件預測的所有靶基因相比,選取共同靶基因。
4.三個軟件預測的前10個靶基因,如不在基因列表之內的,則加入列表中。
5.根據第4步得到的靶基因進行顯著性GO功能集分析和顯著性Pathway分析,將GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
6.所得靶基因根據三個軟件總得分排序(各自得分做標準化相加)。
7.根據第5步得到的靶基因構建差異microRNA與靶基因的調控網絡,得到網絡中起核心調控作用的microRNA和被microRNA調控的關鍵靶基因。


   



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